На смену Йоргу Бергеру, уволенному 3 октября, приходит Хуб Стевенс.

В беспрецедентном по накалу страстей поединке с миланским «Интером» «Шальке 04» впервые завоёвывает Кубок УЕФА. Первая встреча, состоявшаяся 7 мая на стадионе «Паркштадион», завершилась победой 1:0 (Марк Вилмотс). В ответном матче, незадолго до финального свистка, Иван Заморано («Интер») забивает мяч в ворота «Шальке», в результате чего назначается дополнительное время. Серия пенальти заканчивается в пользу «Шальке» (4:1). К великой радости 25 000 болельщиков «Шальке», приехавших поддержать свою команду на трибунах стадиона «Джузеппе Меацца» (аншлаг - 81 675 зрителей), Инго Андербрюгге, Мартин Макс, Олаф Тон и Марк Вильмотс в решающие минуты не теряют самообладания и бьют без промаха по воротам противника.
Официальный срок начала строительства арены «Ауф Шальке».
Мечта о восьмой победе в чемпионате Германии близка к реализации. В последнем туре «кнаппены» одерживают верх над ФК «Унтерхахинг» (5:3), и когда нападающий «Гамбурга» Барбарес на 90-й минуте выводит свою команду вперёд в матче с «Баварией Мюнхен» (1:0), кажется, что ничто уже не может помешать осуществлению мечты «Шальке 04». Однако спорное решение судьи о назначении свободного удара на 94-й минуте позволяет «Баварии» (Патрику Андерсону) сравнять счёт (1:1). «Шальке» становится лишь «чемпионом сердец», но заняв второе место в таблице, впервые получает право участвовать в первенстве Лиги чемпионов.
Спустя неделю после драматичной развязки чемпионата страны «Шальке 04» впервые с 1972 года выходит в финал Кубка Германии. На встрече с командой клуба региональной лиги «Уньон Берлин» два гола Йорга Бёме приносят долгожданную победу (2:0).
ФК «Шальке» вновь в финале Кубка Германии, на этот раз с леверкузенским «Байером». Захватывающий матч завершается поражением заводской команды 4:2 (1:1).
Празднества по случаю 100-летия со дня основания клуба достигают своего апогея. Башня ратуши в Бюре оборачивается в полотна с изображением символики и мотивов из истории «Шальке». Свыше 40 000 болельщиков отмечают 4 мая юбилей клуба, 65 000 фанатов приходят на празднества, организованные на арене 8 мая, а спустя два дня, 10 мая, с огромным успехом проходит премьера мюзикла "04".
В 2005 году «Шальке» вновь стал вице-чемпионом страны и во второй раз завоевал путёвку в Лигу чемпионов. Кроме того, подопечные Ральфа Рангника вышли в финал Кубка ДФБ, в котором им не повезло и они со счётом 1:2 потерпели поражение от мюнхенской «Баварии». В групповом раунде Лиги чемпионов 2005/2006 «кобальтовые» заняли в своей группе третье место, попав, таким образом, в розыгрыш Кубка УЕФА. В этом турнире «шалькеры» дошли до полуфинала, в котором встретились с будущим обладателем почётного трофея – испанской «Севийей» – и уступили лишь в ответном матче, да и то в добавленное время. В третий раз в истории клуба «кнаппены» добились права выступать в Лиге чемпионов в 2007 году в качестве вице-чемпиона Германии. Три года спустя, в 2010 году, они смогли повторить этот успех и, заняв вторую строчку в итоговой таблице Бундеслиги, уже в четвёртый раз в своей истории завоевали путёвку в турнир сильнейших футбольных клубов Европы.
Победой над «Фрайбургом» (3:2) «кнаппены» обеспечивают себе второе место на чемпионате страны и во второй раз в истории клуба проходят квалификацию для участия в первенстве Лиги чемпионов. В состоявшемся через неделю финале кубка «Шальке» уступает «Баварии Мюнхен» со счётом 1:2.
В результате поражения (2:3) «кнаппены» упускают возможность выхода в одну восьмую финала Лиги чемпионов, однако продолжают участвовать в первенстве Кубка УЕФА.
По истечении дополнительного времени (0:0, 0:0, 0:1) ФК «Шальке» проигрывает «Севилье» в полуфинале Кубка УЕФА.
Заканчивается целая эра. По прошествии в общей сложности 19 лет с поста менеджера "Шальке 04" в отставку уходит Руди Ассауэр. Сменяет его на этой должности Андреас Мюллер.
Одержав победу над билефельдской "Арминией" со счётом 2:1, "кобальтовые" в пятый раз за время своего выступления в Бундеслиге занимают вторую строчку в итоговой таблице чемпионата. Но этот результат, второй за историю клуба, начиная с сезона 1971/1972, послужил слабым утешением на фоне упущенного чемпионского звания. Вплоть до 33-го тура команда возглавляла турнирную таблицу. Правда, второе место обеспечивает путёвку в Лигу Чемпионов - и "кнаппены" седьмой год подряд выступают на международной арене.
На должность председателя правления ФК "Шальке 04" избирается Йозеф Шнузенберг. На этом посту он сменяет Герхарда Реберга, который становится Почётным председателем правления клуба.
ФК "Шальке 04" добивается успеха: благодаря победе над норвежским клубом "Русенборг" со счётом 3:1, одержанной на своём поле в последнем матче группового этапа, "кнаппены" впервые в своей истории выходят в одну восьмую финала Лиги чемпионов.
"Кобальтовые" в четвертьфинале. Одолев в гостях "Порту" со счётом 4:1 в серии послематчевых пенальти, ФК "Шальке 04" входит в число восьми лучших команд европейского королевского дивизиона. Но на этом его шествие и заканчивается: "шалькеры" дважды проигрывают "Барселоне" со счётом 0:1.
С поста главного тренера в отставку отправлен Мирко Сломка. До окончания сезона тренерские обязанности берут на себя двое "еврофайтеров" Майк Бюскенс и Юри Мулдер, приводящие команду в итоге к бронзовым медалям. С 1 июля 2008 года ответственность за "кнаппенов" ляжет на голландского коуча Фреда Рюттена.
От должности менеджера ФК "Шальке 04" освобождается Андреас Мюллер.
"Кобальтовые" расстаются с тренером команды Фредом Рюттеном. До окончания сезона руководить командой снова берутся Майк Бюскенс и Юри Мулдер, в сотрудничестве с Оливером Реком.
Феликс Магат подписывает контракт сроком на четыре года и будет, начиная с 1 июля 2009 года, совмещать должности нового менеджера и главного тренера команды.